Основными направлениями деятельности Ассоциации является законодательное и научно-исследовательское содействие развитию рынка электронных платежей и денежных переводов, защита интересов потребителей услуг и повышение финансовой грамотности населения.

Главным проектом Ассоциации в настоящий момент является «Национальная платежная инициатива»  - дорожная карта развития безналичного оборота в России. Платежная инициатива является постоянно действующей площадкой выработки текущей повестки гармонизации и развития законодательства, прямо или косвенно регулирующего платежную отрасль. К участию в работе привлекается широкий круг общественных объединений, рыночных участников, профильных и косвенных регуляторов.

Также Ассоциация ведет работу через созданные в ее рамках профильные комитеты, осуществляющие правовую и общую поддержку законодательных и регуляторных инициатив в Российской Федерации совместно с Государственной Думой Федерального Собрания Российской Федерации, Правительством Российской Федерации, иными органами государственной власти, Центральным Банком Российской Федерации, банковским  профессиональным сообществом, российскими и международными коммерческими и некоммерческими организациями.